Vou dar minha opinião, acho interessante falar sobre isso agora porque vou começar uma série de artigos para inciantes em PHP, quem não concordar é só dizer o porquê, será de grande ajuda, um tempo atrás eu mesmo tinha uma opinião diferente. (:
Agora indo direto ao ponto, é melhor não adotar um padrão para todas linguagens, você tem que ver a indentação mais usada para determinada linguagem e segui-la, PHP por exemplo, se você pesquisar vários projetos PHP que tem por ai vai ser muito raro encontrar um script indentado com espaços, então o mais legal é seguir este padrão predominante da linguagem, agora Python é outra história, no lugar do TAB são quatro espaços, alguns até usam dois, mas a maioria é quatro, Ruby o que mais vejo são dois espaços, mas se você for mexer em um projeto e tiver um padrão diferente, você deve seguir o do projeto. Não adianta ficar querendo discutir se é melhor com X ou Y, a melhor é a mais usada em determinada linguagem.